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Zu diesen zählen Mykorrhizapilze, die die Nährstoffaufnahme und die Bodenstruktur verbessern. Eine Studie des Kompetenzzentrums hat gezeigt, dass Fungizidbeizen im Maisanbau je nach Massstab unterschiedlich auf Mykorrhizapilze wirken. Auf der Ebene einzelner Pilzsporen kann die Keimung deutlich gehemmt sein. Diese Effekte lassen sich jedoch nicht direkt auf das Pflanzenwachstum oder die Maiserträge im Feld übertragen.
Damit relativiere sich die Aussagekraft isolierter Labortests für die Praxis, so Agroscope. Im Feldversuch würden die negativen Einflüsse von Beizmitteln auf Mykorrhizapilze weniger stark ausfallen als unter kontrollierten Laborbedingungen. Umweltfaktoren wie Bodenbeschaffenheit, Mikroorganismen und Wetterbedingungen würden die tatsächliche Wirkung beeinflussen. In vielen Fällen bleibt die Mykorrhiza-Besiedlung der Pflanzen also trotz Beizung erhalten, wenn auch teilweise reduziert.
Offenbar schaden die Fungizide dem Bodenleben