Neben den anfallenden Transaktionsgebühren bringen Twint-Einnahmen jedoch auch noch andere Schwierigkeiten mit sich. Wie die Agro-Treuhand Aargau schreibt, sei gerade bei Betrieben, die für private und geschäftliche Twint-Einnahmen denselben Twint-Account oder das gleiche Bankkonto verwenden, die Zuordnung oft schwierig.
«Wir empfehlen, ausschliesslich private Twint-Einnahmen (z. B. Rückzahlungen für Restaurantbesuche oder Geburtstagsgeschenke) über einen privaten Twint-Account (Bezahlung via Handynummer) und idealerweise auch über ein privates Bankkonto abzuwickeln. Für geschäftliche Twint-Einnahmen (z. B. aus dem Hofladen, Heu- oder Tierverkäufen) sollte ein separater Twint-Account für Geschäftskunden eröffnet werden», so die Agro Treuhand.
