Auch wenn sich die Seuche nicht weiter ausgebreitet hat, waren zahlreiche Tierhalter laut dem deutschen Bundeslandwirtschaftsministerium von MKS-Sperrmassnahmen und finanziellen Einbussen betroffen. Seit April gilt Deutschland wieder als MKS-frei ohne Impfung.
Die EU will landwirtschaftliche Betriebe in Deutschland, die von Sperrmassnahmen betroffen waren, nun entschädigen. Die betroffenen Milchviehbetriebe in der Sperr- und Überwachungszone sowie sämtliche Schweinemastbetriebe im Bundesland Brandenburg werden demnach finanzielle Mittel im Rahmen einer sogenannten ausserordentlichen Marktstützungsmassnahme erhalten.
Die EU-Kommission bereitet eine Verordnung vor, in der die genaue Höhe der Hilfen festgelegt und bekannt gegeben wird. Brandenburg hat den entstandenen Schaden auf knapp 8 Millionen Euro (7,52 Mio. Fr.) geschätzt.